Обязательно соединитесь со своим сайтом так как если нет соединения с сайтом вы не сможете выставить права и нажимайте Файл → Изменить атрибуты... затем просто вводите права доступа:
Выделяешь правой кнопкой для каких файлов надо поставить права и потом Файл → Изменить атрибуты.
а если выходит вот такое значит вы не зашли на свой сайт.
Как примерно должны выглядеть настройки Total Commander:
На картинке не поставлена, но вам нужно поставить галку слева от “Use passive mode for transfers (like a WWW browser)